Opisał w niej szereg nowych gatunków zgromadzonych w swym gabinecie osobliwości, a także w zbiorach muzealnych hrabiego Francesco Annibale Della Torne i w zwierzyńcu cesarskim.
W 1772 r. opublikował w Wiedniu nowe, teraz ilustrowane wydanie swego dzieła poświęconego florze Krainy (Flora Carniolica exhibens plantas Carnioliae indigenas et distributas in classes, genera, species, varietates, ordine Linnaeano), w którym zastosował za Linneuszem binominalne nazewnictwo gatunków. Opisał w nim 1251 gatunków roślin kwiatowych oraz około 400 roślin zarodnikowych.
Korespondował z rosyjskim przyrodnikiem M. Łomonosowem. Przez wiele lat prowadził także ożywioną korespondencję z Karolem Linneuszem (chociaż nigdy nie spotkał się z nim osobiście). Przesyłał mu regularnie wszystkie wyniki swych obserwacji i badań. Linneusz uwiecznił pamięć Scopolego (nazwanego później „Linneuszem Cesarstwa Austriackiego”), nadając opisanej po raz pierwszy lulecznicy kraińskiej nazwę Hyoscyamus scopolia. Wkrótce potem inny botanik, Nikolaus Joseph von Jacquin, który poznał Scopolego w Bańskiej Szczawnicy, sklasyfikował tę roślinę do nowego rodzaju Scopolia.