Doprowadziło to do wprowadzenia kuratora na uniwersytecie, ograniczenia wolności prasy i rozwiązania burszenszaftu.

Na gospodarkę tego okresu wielki wpływ miała działalność uniwersytetu. Oprócz tego zyski przynosiła uprawa wina, chmielu, ogrodnictwo i rolnictwo oraz drukarstwo. Po 1800 r. powstały mniejsze rzemieślnicze zakłady, utworzona w 1820 r. przędzalnia czesanki miała po dwudziestu latach jako jedyne przedsiębiorstwo ponad 100 pracowników, a w 1864 r. wprowadziła maszynę parową. W 1830 r. Jena liczyła 5491 mieszkańców, a w roku 1851 było ich ok. 6500. Wraz z budową kolei Saalbahn z Großheringen do Saalfeld/Saale w 1874 r. oraz linii Weimar – Gera w 1876 r. miasto stało się węzłem komunikacyjnym. W 1843 r. wzniesiono wytwórnię fortepianów, w 1859 r. fabrykę pieców, w 1886 r. fabrykę cementu, a w 1895 r. wytwórnię przyrządów pomiarowych.