Z utworzonej w 1846 r. przez Carla Zeissa pracowni z przyrządami optycznymi, która w 1860 r. miała 20 współpracowników, dzięki znaczącemu współdziałaniu z Ernstem Abbe powstało przedsiębiorstwo mechaniki precyzyjnej i optyki o światowym zasięgu, od 1880 r. działające we własnych budynkach fabrycznych. Dzięki współpracy z mogło korzystać z wybudowanej w 1884 r. fabryki szkła, co stanowiło istotny impuls do jego dalszego rozwoju. W 1886 r. wyprodukowano 10 000. mikroskop, podarowany bakteriologowi Robertowi Kochowi na urodziny. Na początku XX w. koncern Zeissa obejmował już 98 przedsiębiorstw, rozsianych po całym kraju. Już w 1889 r. utworzono fundację Carla Zeissa, z której środki w dużych ilościach przeznaczono na uniwersytet, na którym w tamtym okresie pracował m.in. zoolog Ernst Haeckel. W 1841 r. na uczelni doktoryzował się Karol Marks (in absentia). W 1908 r. w miejscu dawnego zamku wzniesiono nową siedzibę uniwersytetu. Liczba studentów wrosła z 500 między rokiem 1800 a 1880, do 2000 w roku 1914. Wydziały nauk przyrodniczych i medycyny musiały zostać rozbudowane.