Była to fundacja biskupa chełmińskiego Kazimierza Jana Opalińskiego. W 1716 Teresa i Tomasz Działyńscy wybudowali kolejną kaplicę grobową. Zabudowania klasztorne były piętrowe. Konwent posiadał dwa dziedzińce. Większy zaopatrzony był w krużganki. Refektarz i zakrystia znajdowały się we wschodniej części klasztoru.
Klasztor uniknął likwidacji dzięki interwencji wpływowych osób po wejściu w życie ustawy państwowej z 30 października 1810. W 1855 powstała franciszkańska Prowincja Niepokalanego Poczęcia NMP w Prusach i w Wielkim Księstwie Poznańskim. Klasztory w Wejherowie i Łąkach Bratiańskich, jedyne którym udało się uniknąć kasaty, zostały do niej włączone. W Łąkach utworzono około 1856 studium teologiczne dla braci kończących w Wejherowie nowicjat. W 1858 w klasztorze mieszkało 12 zakonników.
Ustawa z 31 maja 1875 znowu zniosła zakony i zgromadzenia zakonne na terenie całego Królestwa Pruskiego. Konwent zamknięto 27 września, mieszkało w nim wówczas 22 zakonników. W tym czasie gwardianem w Łąkach był o. Mikołaj Kiefer. Decyzją biskupa chełmińskiego Jana Nepomucena Marwicza cudami słynąca figura Matki Bożej Łąkowskiej pozostawała w kościele klasztornym. Paramenty liturgiczne i relikwie Krzyża Świętego przeniesiono do Fary św. Tomasza w Nowym Mieście Lubawskim.