Zabudowania klasztorne przechodziły na własność państwa.
W nocy z 5 na 6 maja 1882 piorun uderzył w dach nad ołtarzem głównym kościoła klasztornego. Udało się uratować figurę Matki Bożej. Ojcowie Rogeriusz Binkowski OFM i Onufry Laskowski OFM przewieźli ją do kościoła, w którym rezydowali w Nowym Mieście Lubawskim. Następnej nocy pożar strawił kolejną część zabudowy. Księgozbiory uległy zniszczeniu lub zostały zrabowane. Cegły z niszczejącej budowli posłużyły w latach 1903-1906 do budowy kościoła parafialnego pw. Najświętszego Serca Pana Jezusa w Radominie i gorzelni w Mszanowie. Podejmowano próby odzyskania terenu przez władze zakonne. W latach 20. XX wieku czyniono próby odbudowy sanktuarium, nie przyniosły one jednak żadnego efektu.
W 1999 reaktywowano Bractwo Łąkowskie, którego celem jest odbudowa Sanktuarium Matki Boskiej Łąkowskiej w Łąkach Bratiańskich.
Pochowani na terenie klasztoru reformatów W Łąkach Bratiańskich spoczęli: Tomasz Działyński, wojewoda chełmiński Adam Działyński, starosta bratiański Kazimierz Jan z Bnina Opaliński, biskup chełmiński Jan Ansgary Czapski, podskarbi