Fabuła Początek gry przedstawia głównego bohatera – Murphy'ego Pendletona, który za pozwoleniem oficera Sewella morduje w tajemnicy jednego ze współwięźniów – Patricka Napiera. Po obudzeniu się ze snu, zostaje wraz z innymi więźniami transportowany do innego więzienia pod nadzorem oficerki Anne Cunningham. W trakcie jazdy kierowca Koons traci panowanie nad wozem i powoduje wypadek w pobliskim lesie. Po odzyskaniu przytomności, Murphy postanawia uciec w głąb lasu, nie wiedząc że podąża za nim Cunningham. W ten sposób bohater trafia do południowej (nigdy wcześniej nieodwiedzanej przez graczySilent Hill Downpour Preview for PS3, 360 from 1UP.com) części opuszczonego miasta Silent Hill.
Zakończenia Pierwszy czynnik od którego zależy zdobyte zakończenie polega na ilości zabitych potworów i zdobytych morali (poprzez sekwencje "wyborów"). Drugim czynnikiem jest bitwa z Anne Cunningham tuż po pokonaniu finałowego bossa.