Te drogocenne skarby (nie zachowane do dziś) znane jako Hallesches Heiltum były nieodłącznie związane z handlem odpustami i jako takie stały się jedną z przyczyn wystąpienia Marcina Lutra i wybuchu reformacji. Wspaniale wyposażenie wnętrza powstało po 1523 i było dziełem najsłynniejszych artystów tamtej epoki: Matthiasa Grünewalda, Albrechta Dürera, Lucasa Cranacha Starszego (ołtarz) i Petera Schro (kamienne posągi). Dzięki tym zmianom dawny kościół klasztorny przekształcił się w kompleksowe dzieło sztuki utrzymane w stylu przejściowym od późnogotyckiego do wczesnorenesansowego.
Jako przeciwnik Lutra kardynał Albecht musiał w 1541 opuścić Halle. Ruchome elementy wyposażenia kościoła zostały przeniesione do Aschaffenburga gdzie do dziś się znajdują.
Po zapanowaniu reformacji w mieście dokonano sekularyzacji majątku biskupiego, a dotychczasowa katedra zaczęła pełnić funkcję kościoła dworskiego i zamkowego. Ostatni z jej zarządców, książę August von Sachsen-Weißenfels fundując w poł. XVII w. emporę i wielki ołtarz nadał budowli wygląd wczesnobarokowy. Po jego śmierci księstwo Magdeburga zostało włączone do Brandenburgii.