W pobliżu wybrzeży Peru leży kilkadziesiąt wysepek. Są to m.in. Lobos de Tierra, Guañape czy Huauru.
thumb|320px|Andy – Machu Picchu
Budowa geologiczna Peru leży na terenie dwóch jednostek tektonicznych, jakimi są: młode góry fałdowe Andy i przedgórskie zapadlisko na skraju prekambryjskiej platformy południowoamerykańskiej. Północna część peruwiańskich Andów zalicza się do Andów Północnych, a ciągnąca się pasem na południe od 12° S – do Andów Środkowych, dla których charakterystyczne jest występowanie rozległych wysoko położonych płaskowyży, które pokrywają pokrywy lawowe. Skały Andów zawierają różne minerały, wśród których na uwagę zasługują duże złoża rud żelaza, a także miedzi i cynku. Miejscami występuje także złoto.
Regiony leżące na wschód od pasa Andów budują skały osadowe, które wypełniają przedgórskie zapadlisko. Podłoże zapadliska stanowią skały krystaliczne. Najmłodsze osady jakimi są czwartorzędowe aluwia, zostały naniesione przez rzeki spływające z Andów. Silna erozja gleb w Peru powoduje tworzenie się u podnóży Andów stożków napływowych, które są zbudowane ze żwirów. W regionie tym występują złoża ropy naftowej. Peru, a zwłaszcza region Costa i Andy, leży w obszarze sejsmicznym, występują tam katastrofalne trzęsienia ziemi.