Dowiadując się o trudnej sytuacji Cezara w Aleksandrii, postanowił szybko się rozprawić z wrogiem. Legion XXXVI ustawił na prawym skrzydle, legion Pontyjski na lewym, a legiony Dejotara dał do środka. Doszło do bitwy 13 listopada 48 r. Legiony Dejotara z trudem wytrzymały pierwszy atak wroga, jednak zostały później w znacznej części zdziesiątkowane. Rzymianie po przegranej wycofali się do Azji. Farnakes zajął pozostały Pont oraz Amisos (ob. Samsun w płn. Turcji). Cezar uznając dalsze pozostawanie w Egipcie za niekorzystne, szybko przybył do Armenii celem rozprawienia się z wrogiem. Dejotar zjawił się bez insygniów królewskich przed Cezarem z błaganiem o przebaczenie. Ten wspomniał o swoich przysługach, które wyświadczył mu, jako konsul. Nie przyjął jego usprawiedliwień, ale postanowił mu przebaczyć ze względu na jego zasługi, wiek oraz prośby przyjaciół, m.in. Marka Juniusza Brutusa, przyszłego zabójcy Cezara. Ten na rozprawie, która odbyła się w Nikai w Azji Mniejszej 47 r., mową bronił króla przed obliczem Cezara. Cyceron napisał, że Cezar po wysłuchaniu tej mowy powiedział, iż jeśli Brutus czegoś pragnie, to pragnie tego bardzo mocno. Cezar następnie kazał mu przyprowadzić legion (Legio XXII Deiotariana), który został wyszkolony na rzymski sposób. Potem starł się z wrogiem w bitwie pod Zelą w 47 r.