W połowie 2003 roku Trejo podpisał umowę z klubem Jaguares de Chiapas z miasta Tuxtla Gutiérrez. Jego podopieczni szybko zostali rewelacją ligi meksykańskiej, w sezonie Clausura 2004 zajmując pierwsze miejsce w tabeli i notując zaledwie jedną porażkę w dziewiętnastu spotkaniach, dzięki czemu po raz pierwszy w historii drużyny zakwalifikowali się do ligowej fazy play-off. Z ekipy tej Trejo odszedł w lutym 2005, aby zaledwie kilkanaście dni później zostać trenerem zespołu CF Pachuca. Tam spędził najbardziej udany okres w swojej karierze szkoleniowca; wprowadził do zespołu przyszłych reprezentantów kraju, takich jak Luis Ángel Landín czy Leobardo López, zaś podczas rozgrywek Clausura 2006 zdobył z Pachucą tytuł mistrza Meksyku. Zaledwie dzień po tym sukcesie podpisał jednak umowę z zespołem Tigres UANL z siedzibą w Monterrey, wywołując swoją decyzją spore kontrowersje w całym kraju. Z ekipy Tigres został zwolniony we wrześniu 2006, po serii ośmiu ligowych meczów z rzędu bez zwycięstwa. Na początku 2007 roku objął zespół Club Necaxa, w którym pracował już kilka lat wcześniej.