Z drużyną, która w międzyczasie przeniosła swoją siedzibę ze stolicy do miasta Aguascalientes, triumfował w rozgrywkach kwalifikacyjnych do Copa Libertadores – InterLidze, lecz opuścił Necaxę już w maju tego samego roku, osiągając niezadowalające wyniki w lidze meksykańskiej.
W czerwcu 2007 Trejo został trenerem klubu Monarcas Morelia, który prowadził bez większych sukcesów przez następne cztery miesiące, odchodząc ze stanowiska po sześciu kolejnych ligowych spotkaniach bez zwycięstwa. W marcu 2008 zastąpił Jaime Ordialesa w roli szkoleniowca zespołu Tecos UAG z miasta Guadalajara, w którym występował już podczas swojej kariery piłkarskiej. Na posadzie tej pozostawał przez pięć miesięcy, nie odnosząc żadnych osiągnięć w lidze, zaś we wrześniu 2010 został zatrudniony przez ekipę Puebla FC, której trenerem był do lutego 2011, notując przeciętne wyniki. W maju 2012 podpisał umowę z klubem San Luis FC, z którego zwolniono go jednak po zaledwie sześciu ligowych meczach; nie potrafił odnieść w nich żadnego zwycięstwa.