Wkrótce po wybuchu jedna z francuskich stacji telewizyjnych podała informację, jakoby ostrzał Markale został przeprowadzony przez siły bośniackie. Została ona jednak natychmiast zdementowana. Generał Michael Rose, stojący na czele stacjonujących w Sarajewie jednostek UNPROFOR stwierdził bezpośrednio po zdarzeniu, iż nie jest w stanie jednoznacznie wskazać odpowiedzialnych za masakrę. Tymczasem w swoich wspomnieniach, zatytułowanych Fighting for Peace, ten sam wojskowy napisał, iż trzy dni po wybuchu, w rozmowie z głównodowodzącym armią bośniacką gen. Jovanem Divjakiem stwierdził, na podstawie raportu UNPROFOR, iż pocisk wystrzeliła strona bośniacka. ONZ nigdy nie oskarżył jednak oficjalnie armii bośniackiej o sprowokowanie masakry 5 lutego. 6 października 2010 gen. Rose, występując jako świadek w procesie Radovana Karadžicia, wycofał się ze swoich wcześniejszych twierdzeń, mówiąc, iż drugi raport UNPROFOR wskazuje na odpowiedzialność Serbów.