Teorie spiskowe 9 lipca 2009 w czasie swojego procesu przed Trybunałem haskim Radovan Karadžić stwierdził, iż służby wywiadowcze kilku krajów (Dania, Norwegia, Belgia, Szwecja, Holandia, Wielka Brytania, Kanada) są w posiadaniu dowodów potwierdzających tezę o zorganizowaniu obydwu ataków na Markale przez Bośniaków. Wcześniej, w maju 2009, Karadžić utrzymywał równocześnie, iż pierwsza masakra była bośniacką prowokacją, zaś miejsce zbrodni zaprezentowane w mediach zostało zaaranżowane. Według jego wersji część pokazywanych ciał należała do osób zabitych wcześniej, część zaś była w rzeczywistości manekinami.
Druga masakra Drugi atak na Markale miał miejsce 28 sierpnia 1995; wskutek wystrzelenia pięciu pocisków zginęło 37 osób, zaś 87 zostało rannych. Ponownie o przeprowadzenie ostrzału została oskarżona Armia Republiki Serbskiej. Serbscy dowódcy wojskowi oraz przywódcy cywilni z prezydentem Republiki Serbskiej Radovanem Karadžiciem na czele zaprzeczyli, jakoby ostrzał został przeprowadzony przez siły serbskie.