Niebawem – już jako Carlo – rozpoczął studia teologii katolickiej.

Na wieść o tym rodzina całkowicie zerwała z nim stosunki i wyrzekła się go i wydziedziczyła. Zmiana wyznania Karla była dla jego ojca potężnym ciosem. Gorzkniał on coraz bardziej. W roku 1797 sprzedał gospodę „Zum Lamm“ i przeniósł się do dzierżawionego przez niego majątku Schwärzloch koło Tybingi, gdzie dwa lata później zmarł.

Praca kapłańska Pozbawionego środków dożycia Carla studia kosztowały wiele wyrzeczeń. Ukończył je uzyskując święcenia kapłańskie 9 września 1796 roku. Trzy miesiące wcześniej Północne Włochy pozostające wówczas w posiadaniu Habsburgów stały się widownią wojny Napoleona przeciwko Austrii. Po wtargnięciu armii Napoleona do Werony 1 czerwca 1796 roku przemoc i mordowanie pozostawały przez długi czas na porządku dziennym, bo Włosi kilkakrotnie porywali się, by zrzucić jarzmo francuskie. Szpitale były przepełnione, a na młodego księdza czekał ogrom pracy. Wezwany tam do pomocy ze względu na znajomość niemieckiego i francuskiego, stał się tam najwytrwalszym współpracownikiem. W wyniku walk i biedy w mieście pojawiła się zaraza, a nieodchodzący od chorych Carlo Steeb stał się jej ofiarą. Jednak tyfus plamisty oszczędził go.