Rodzina W 1593 Jan Karol Chodkiewicz ożenił się z Zofią Mielecką Olelkowiczową, wdową po księciu słuckim Siemionie Olelkowiczu. Ze związku tego urodziła się w 1604 roku Anna (wydana za marszałka nadwornego litewskiego Jana Stanisława Sapiehę). Obaj synowie umarli, pierworodny Hieronim Chryzostom w 1613, mając lat szesnaście, drugi w 1606, w niemowlęctwie. Jego żona Zofia zmarła w 1619 roku. Myśląc o przedłużeniu rodu, w Jarosławiu 28 listopada 1620 wziął ślub z młodszą o 30 lat księżniczką Anną Alojzą Ostrogską, z którą jednak nie miał potomstwa.
Wojny kozackie i mołdawskie Swoją karierę wojskową rozpoczął w 1596 od udziału pod wodzą Stanisława Żółkiewskiego w tłumieniu powstania Nalewajki, który wraz z wojskiem kozackim pustoszył miasta na wschodnich ziemiach Wielkiego Księstwa Litewskiego. W tym samym roku otrzymał pierwszy urząd podczaszego litewskiego. W 1599 został wybrany przez szlachtę starostą generalnym żmudzkim. W 1600 roku wziął udział w zwycięskiej wyprawie hetmana wielkiego koronnego Jana Zamoyskiego na Wołoszczyznę.