Wojna inflancka W kwietniu 1601 roku Zygmunt III Waza mianował go „pułkownikiem albo porucznikiem hetmańskim” (a więc hetmanem polnym litewskim), dzięki czemu zyskał dowództwo nad wojskiem operującym w Inflantach, ale tylko podczas nieobecności hetmana wielkiego Krzysztofa „Pioruna” Radziwiłła, z którym Chodkiewicz był skonfliktowany. W 1601 dowodził w zwycięskiej bitwie nad armią szwedzką pod Kokenhausen. W październiku 1602 objął po Zamojskim naczelne dowództwo w Inflantach: odebrał Szwedom Dorpat (9–13 kwietnia 1603) i obronił Rygę. 6 sierpnia 1603 roku, Zygmunt III Waza oficjalnie wydał uniwersał, w którym ogłosił o oddaniu mu dowództwa. 23 września 1604 odniósł zwycięstwo w bitwie pod Białym Kamieniem, gdzie dowodząc oddziałem w sile 2 tys. ludzi pobił siedmiotysięczną armię szwedzką - straty po stronie szwedzkiej wynosiły 3 tys., przy 150 stratach własnych.
W 1605 odniósł kolejne zwycięstwo nad Szwedami w bitwie pod Kircholmem. Jego czterotysięczny oddział pobił czternastotysięczny korpus szwedzki, 9 tys. żołnierzy przeciwnika poniosło śmierć;