Współpracował z Richardem Wagnerem, przyjaźnił się z Robertem Schumannem. W Dreźnie stworzył swoje ostatnie utwory i rozwinął swoją działalność pedagogiczną, kształcąc wielu skrzypków i opiekując się młodymi talentami, takimi jak np. Henryk Wieniawski. Paganini, zapytany, kto według niego jest najlepszym skrzypkiem na świecie, odpowiedział: „Nie wiem, kto jest najlepszy, ale Lipiński ma na pewno drugie miejsce”. Po śmierci Paganiniego otrzymał w spadku jego skrzypce Amatiego, jako jeden z ośmiu skrzypków, którym zapisał on swoje instrumenty.
W 1845 zakupił majątek Urłów koło Tarnopola, gdzie spędzał wakacje z rodziną. Po śmierci żony w 1856 ograniczył działalność koncertową, a z czasem zaczął mierzyć się z problemami zdrowotnymi. Unieruchomienie prawej ręki uniemożliwiło mu grę na skrzypcach. 1 maja 1861, na własną prośbę, odszedł na emeryturę z wynagrodzeniem 1000 talarów, tj. połowy dotychczasowej pensji. Osiedlił się w swoim majątku, gdzie założył szkołę dla uzdolnionych dzieci chłopskich. Zmarł na astmę w 1861 i został pochowany w Urłowie. Urłów po jego śmierci przeszedł w ręce synów kompozytora, Gustawa i Konstantego. Lipiński w testamencie przeznaczył majątek w Urłowie na utworzenie fundacji stypendialnej jego imienia, która wspierałaby młodych skrzypków kształcących się w konserwatoriach we Lwowie, Neapolu i Wiedniu.