Między innymi dzięki dbałości o silniki przez polską załogę, do września miał najwięcej godzin w ruchu (150) spośród ścigaczy Flotylli od czasu jej powstania.
Przez kolejne niemal trzy lata S.3 działał na wodach przybrzeżnych, kilkakrotnie wchodząc w kontakt bojowy z przeciwnikiem. Ulegał jednak także stosunkowo licznym awariom i uszkodzeniom bojowym, poczynając od wejścia na mieliznę North Goodwin na wschód od Dover w nocy 3/4 września 1940 roku razem ze ścigaczem S.2. Oba ścigacze zostały unieruchomione na czas odpływu, przy czym S.3 uszkodził jeden z wałów napędowych i śrubę, i według części relacji musiał być odholowany do bazyRelacje są sprzeczne, czy S.3 następnego dnia został odholowany przez S.2, czy powrócił na jednym silniku. . Z powodu naprawy uszkodzeń, nie brał udziału w osłonie bombardowania Cherbourga 23 września. 25 listopada 1940 roku za ścigaczem detonowała u wejścia do Fowey mina magnetyczna, powodując poważne uszkodzenia kadłuba, w tym złamanie stępki (według innych źródeł było to 25 października)Data 25 listopada 1941 roku według za raportem dowódcy, natomiast inne publikacje, w tym podają 25 października 1941 roku. Od zniszczenia okręt uratowała duża prędkość, utrzymywana po ucieczce przed ostrzałem przez niemiecki samolot kilka minut wcześniej, jednakże trzech członków załogi doznało potłuczeń.