Do służby po remoncie S.3 powrócił dopiero w czerwcu 1941 roku. Już jednak 17 czerwca przy powrocie z patrolu wszedł we mgle z dużą prędkością ok. 35 węzłów na skały koło Falmouth, uszkadzając dziób. Remont trwał od 20 czerwca do grudnia 1941 roku. W czasie remontu ścigacz przezbrojono, dodając wielkokalibrowe karabiny maszynowe i miny.
16 stycznia 1942 roku wraz ze ścigaczem MGB 8 zaatakował w nocy niemiecki patrolowiec na redzie portu Boulogne. MGB 8 obrzucił patrolowiec bombą głębinową, a S.3 osłaniał go, ostrzeliwując niemiecki okręt z broni maszynowej, lecz od bliskich wybuchów doznał rozszczelnienia dziobu. Od 1 lutego do 17 kwietnia ponownie był remontowany. W nocy z 8 na 9 czerwca 1942 roku uczestniczył z dwoma ścigaczami w starciu z niemieckimi trawlerami koło Dunkierki. 21 czerwca 1942 roku wyszedł na patrol ze ścigaczem S.2, lecz musiał zawrócić z powodu awarii silnika i nie wziął udziału w starciu samotnego S.2 z sześcioma niemieckimi kutrami torpedowymi. W nocy 20/21 lipca oba polskie ścigacze zostały ostrzelane przez baterie nadbrzeżne w Dunkierce, bez strat.