W 1591 w pobliżu zabudowań klasztornych miała miejsce bitwa wojsk moskiewskich z oddziałami Ğazı II Gireja. Piętnaście lat później pod murami klasztoru wojska Wasyla IV Szujskiego pokonały oddziały Iwana Bołotnikowa. W 1652 w monasterze odbyła się kanonizacja jego fundatora, połączona z uroczystym przeniesieniem relikwii z cmentarza klasztornego do głównego soboruA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., ss.29–30. Pod koniec XVII wieku wokół zabudowań monasterskich wzniesiono mur obronny z siedmioma basztami i bramą wjazdową połączoną z dzwonnicą, na której zawieszono 17 dzwonówA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., s.30. W 1771 większość zakonników klasztoru zmarła w czasie epidemii.
W 1812 wojska napoleońskie po zdobyciu Moskwy splądrowały klasztor, zabierając m.in. cenną dekorację raki z relikwiami św. Daniela Moskiewskiego. W 1817 relikwie zostały w związku z tym przeniesione do nowego sarkofagu. W 1838 na potrzeby monasteru został wzniesiony nowy sobór pod wezwaniem Trójcy Świętej, mogący pomieścić jednorazowo 3000 uczestników nabożeństwa.