W okresie bezpośrednio poprzedzającym rewolucję październikową znaczenie monasteru jako ośrodka religijnego było niewielkie. Wzrosło jednak znacząco po likwidacji przez władze bolszewickie innych klasztorów. W 1918 w monasterze założono szkołę teologiczną, która istniała do aresztowania jej kierownictwa, przez kilka lat. Klasztor pozostawał jednak czynny jeszcze przez 12 lat i został de facto zamknięty przez władze stalinowskie jako jeden z ostatnich monasterów Moskwy (oficjalnie władze zlikwidowały go już w 1918). w latach 20. XX wieku Monaster Daniłowski był ośrodkiem tzw. „opozycji daniłowskiej” – grupy hierarchów i mnichów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego opowiadającej się za zdecydowanie antybolszewicką postawą Kościoła. Jej liderem był ostatni zwierzchnik monasteru przed jego zamknięciem, biskup Teodor (Pozdiejewski)D. Pospielovsky, The Russian Church under the Soviet Regime 1917–1982, New York 1984, , s.156. Z klasztorem był również związany późniejszy święty nowomęczennik, starzec Jerzy (Ławrow)Преподобномученик Георгий (Лавров), архимандрит.