Po zamknięciu monasteru został w nim urządzony obóz przejściowy dla dzieci ofiar represji politycznych w ZSRR, z których część zmarła z powodu złych warunków sanitarnych i choróbТрагедия XX века. Działał on do 1983. W wymienionym roku zdewastowany Monaster Daniłowski został zwrócony Rosyjskiemu Kościołowi PrawosławnemuA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., ss.30–31. Był to pierwszy klasztor na terenie Moskwy, który po okresie prześladowań ponownie przejęła Cerkiew. Pierwszym przełożonym monasteru po jego reaktywacji został archimandryta Eulogiusz (Smirnow)Евлогий, архиепископ Владимирский и Суздальский (Смирнов Юрий Васильевич). Prace renowacyjne w obiektach monasterskich trwały pięć lat; w tym okresie wzniesiono w nim również dwie nowe cerkwieСвято-Данилов ставропигиальный мужской монастырь.
W czasie kryzysu konstytucyjnego w 1993 reprezentanci prezydenta Borysa Jelcyna i parlamentu przeprowadzili w monasterze w obecności patriarchy Aleksego II negocjacje, jednak wypracowane wówczas porozumienie pozostało w mocy jedynie przez kilka godzin.
W monasterze została urządzona rezydencja patriarchów moskiewskich i całej RusiA. Nizowskij, Samyje znamienityje..., s.31.