Okres powojenny Po 1945 roku w gmachu umieszczono dwie Szkoły Podstawowe nr 2 i nr 3. W ich miejsce od 1959 w nowo powstałym po sąsiedzku budynku przy ul. Fredry 3 rozpoczęła działalność Szkoła Podstawowa nr 39. Z uwagi na bliskość dworca, uczęszczały do niej także dzieci dojeżdżające pociągami z Trzcińca. Szkoła miała charakter sportowy, w związku z czym realizowała ścisłą współpracę z bydgoskim klubem Astoria, w ramach której przez dziesięciolecia uczniowie korzystali z klubowego basenu przy ul. Królowej Jadwigi. W SP 39 uczyła się najlepsza w dziejach bydgoskiego pływania zawodniczka Alicja Pęczak, medalistka mistrzostw Europy. Były tu także klasy kajakarskie. Do szkoły uczęszczał także mieszkający z rodzicami przy ul. Hetmańskiej Tomasz Gollob.
W latach 1962–1963 obiekt przy ul. Sowińskiego został zaadaptowany na Szkolne Schronisko Wycieczkowe. W późniejszym czasie zmodyfikowano jego nazwę na obowiązującą obecnie – Szkolne Schronisko Młodzieżowe. W drugiej połowie lat 80. XX w. dokonano kapitalnego remontu budynku, zaś od lat 90. XX w. prowadzone są na bieżąco zabiegi konserwatorskiehttps://www.ssm.bydgoszcz.pl/index.php dostęp 2010-12-17..