W Europie Środkowej kwitnienie jest rzadko obserwowane i stwierdzano tylko okazy żeńskie. W naturalnym zasięgu kwiatostany męskie wcześnie odcinane są od rośliny i unoszą się na powierzchni. Pochwa kwiatostanowa powstaje z dwóch przysadek, jest kulistawa do jajowatej, osiąga od 2,2 do 4 mm długości. Okwiat jest biały. Nitki trzech pręcików zrastają się w kolumnę. Pylniki osiągają 1–1,4 mm długości. Kwiaty żeńskie są siedzące, ale tworzą długą rurkę pozwalającą sięgnąć powierzchni wody. Zalążnia jest jednokomorowa, z trzema szyjkami słupka. Owoce Gładkie, pękające nieregularnie. Zawierają wrzecionowate nasiona o długości 4–4,6 mm (nie zawiązują się w Europie Środkowej). Gatunki podobne Moczarka ta jest trudna do odróżnienia od moczarki kanadyjskiej. Różni się od niej zwykle jaśniejszymi i silniej rozgałęzionymi pędami, liśćmi węższymi, silniej podwiniętymi i skręconymi.