Kontrola stabilności toru jazdy początkowo opcjonalna stała się standardem dla modeli od 2008 roku.
W roku 2006 Sienna doczekała się face-liftingu. Zmianie uległ przedni grill, przednie i tylne lampy oraz zestaw zegarów. Z nazwy wersji wyposażeniowej XLE Limited został usunięte oznaczenie XLE, a nowe ekskluzywne wyposażenie dla tej wersji zawierało opcjonalną funkcję pamięci dla fotela kierowcy i lusterek bocznych(dostępne również dla wersji XLE jako opcja) oraz składane zewnętrzne lusterka. Inne opcje to połączenie Bluetooth i składane elektrycznie siedzenia trzeciego rzędu. Przednie boczne poduszki tułowia i boczne kurtyny powietrzne dla wszystkich trzech rzędów stały się standardowym wyposażeniem wszystkich modeli.
W roku 2007 Sienna otrzymała nowy silnik 3,5-litrowy 2GR-FE V6 o mocy 266 KM (198 kW) i średnim spalaniu 13,5 l/100 km w mieście oraz 10 l/100 km w trasie przy napędzie na koła przednie oraz 14,5 l/100 km w mieście i 11 l/100 km w trasie przy napędzie na wszystkie koła.
W roku 2008 system kontroli toru jazdy stał się standardem we wszystkich dostępnych wersjach.
Trzecia generacja (XL30 2010–2020)