W 1942 roku przeniósł się (opuszczając Lwów na zawsze) do swego domu w Piwnicznej. W czasie wojny pracował jako nauczyciel w Szkole Rzemieślniczej w Nowym Sączu. Po przeniesieniu się do Krakowa nauczał w Szkole Zawodowej Żeńskiej. W roku 1946 został powołany na stanowisko profesora Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. W latach 1951–52 pełnił funkcję rektora. Od 1958 kierował Katedrą zespolona rysunku i malarstwa. Dwukrotnie był prezesem okręgu krakowskiego Związku Polskich Artystów Plastyków. W 1965 odszedł z akademii na emeryturę.
W drugiej połowie lat 60. pracował dzieląc czas między Kraków, Piwniczną i Warszawę. Zmarł nagle w listopadzie 1969 roku w Piwnicznej. Przygotowywał dużą wystawę w Krakowie, którą otwarto już po jego śmierci. Pochowany został na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.
Twórczość thumb|240px|Obraz Portret p. J. Głównymi tematami malarstwa Zygmunta Radnickiego były martwe natury i pejzaże. Mniej miejsca poświęcał w swojej twórczości portretowi, kompozycjom figuralnym i wnętrzom. Stylistycznie twórczość Radnickiego należy, po wczesnym okresie związanym z formizmem, do nurtu postimpresjonizmu.