W środkowej części znajduje się także wizerunek klęczącego biskupa Jana Konarskiego z Kobylina, fundatora ołtarza, na wyposażeniu wczesnorenesansowa kropielnica z 1518 roku, zespół klasztorny franciszkanów (OFM - Zakon Braci Mniejszych), pod wezwaniem Matki Bożej przy Żłóbku, którzy osiedlili się w Kobylinie w 1456 roku. Ufundowany przez Katarzynę, Wojciecha, Klimka i Mikołaja Kobylińskich, ówczesnych właścicieli miasta. Początkowo arcybiskup gnieźnieński Jan Sprowski był przeciwny tej fundacji, wyraził na nią zgodę dopiero w 1463 roku. Pierwsze budynki, zbudowane z drewna były usytuowane nad rzeką Rdęcą. Murowany gotycki kościół powstał pod koniec XV wieku. Najpierw zbudowano prezbiterium (które zachowało się do dziś), następnie powstał korpus kościoła (pod koniec XVI w.). W 1707 roku wojska rosyjskie walcząc przeciwko Szwedom zrabowali i spalili klasztor Benedyktynów. Klasztor odbudowano po zakończeniu działań wojennych, prace ukończono w 1720 roku. Świątynia jest budowlą wzniesioną z cegły, nawa główna została otynkowana, prezbiterium natomiast pozostało w stanie surowym. Od strony południowej do kościoła przylega klasztor, zbudowany w XVI wieku i rozbudowany w XVII i XVIII. To budynek w stylu barokowym, z cegły, otynkowany, jednopiętrowy, częściowo podpiwniczony.