W siódmym sezonie cierpi z powodu koszmarów, jakie śnią mu się po napadzie. Usiłuje również flirtować z Teddy Altman. Podczas szkolenia urazowego z Huntem rezygnuje z zajęć, mówiąc Owenowi, że stracił on dwoje przyjaciół w strzelaninie (Charlesa Percy’ego i Reed Adamson). Avery martwi się także, że nikt nie będzie chciał z nim współpracować, więc Bailey powierza mu pacjenta. Ten jednak umiera podczas operacji i Jackson martwi się, że na pewno wyleci z pracy. Jego najlepszą przyjaciółką jest April Kepner. Kiedy ta zostaje brzydko potraktowana przez Kareva, Avery staje w jej obronie i daje Alexowi w zęby. Potem zaczyna sypiać z Lexie Grey i prowadzi wspólnie z Webberem badania kliniczne nad cukrzycą. Wkrótce potem wycofuje się z badań, aby dać szefowi szansę na nagrodę Harpera Avery’ego.
W ósmym sezonie udaje mu się przekonać Sloana, by uczył go chirurgii plastycznej. Dzięki temu może samodzielnie prowadzić oddział plastyczny po śmierci Marka w pierwszym odcinku dziewiątego sezonu.