W celu organizacji referendum miała zostać powołana niezależna finansowo, administracyjnie i technicznie Komisja ds. Referendum w Sudanie Południowym z siedzibą w Chartumie oraz oddzielnym biurem w Dżubie. W jej skład miało wchodzić 9 członków, w tym przewodniczący i jego zastępca. Członków mianował prezydent Sudanu, za zgodą pierwszego wiceprezydenta Sudanu (prezydenta Sudanu Południowego) oraz aprobatą Zgromadzenia Narodowego wyrażonej większością głosów. Wiceprzewodniczący Komisji stał na czele Biura ds. Referendum w Sudanie Południowego w Dżubie. Komisja, w celu przygotowania i przeprowadzenia głosowania powoływała w każdym stanie Wysoki Komitet ds. Referendum, a te z kolei Podkomitety ds. Referendum oraz Komitety Centrów Referendalnych.
Uprawnionymi do udziału w referendum były osoby powyżej 18. roku życia, poczytalne oraz spełniające co najmniej jeden z dwóch warunków: 1) urodzone z jednego lub obojga rodziców należących do rdzennych społeczności osiadłych w Sudanie Południowym w dniu lub przed dniem 1 stycznia 1956, bądź będące w stanie udowodnić swoje pochodzenie od takich wspólnot; 2) zamieszkałe na stałe, bez przerw, bądź których rodzice lub dziadkowie zamieszkują na stałe, bez przerw, w Sudanie Południowym od 1 stycznia 1956. Dodatkowo, aby wziąć udział w głosowaniu wymagana była rejestracja w spisie wyborców.