Zgodnie z jej przepisami, lud Sudanu Południowego mógł skorzystać z wyrażenia prawa do samostanowienia poprzez referendum mającym na celu określenie jego przyszłego statusu. Referendum miało odbywać się na obszarze Sudanu Południowego i w innych miejscach, w dniu 9 stycznia 2011. Jego organizację przeprowadzała Komisja ds. Referendum w Sudanie Południowym (Southern Sudan Referendum Commission), we współpracy z rządem centralnym, rządem Sudanu Południowego i pod międzynarodowym nadzorem. Głosujący mieli do wyboru dwie opcje: potwierdzenie jedności Sudanu poprzez utrzymanie formy rządu ustanowionej przez porozumienie pokojowe z 2005 i Tymczasową Konstytucję z 2005; oraz opcję drugą – secesję. W celu wyrażenia wolnej woli mieszkańców władze zobowiązały się zapewnić warunki sprzyjające przeprowadzeniu referendum, w tym odpowiedni poziom bezpieczeństwa, wolność wypowiedzi, wolność zgromadzeń i swobodę przemieszczania się, zgodę na obecność międzynarodowych i krajowych obserwatorów (m.in. przedstawicieli ONZ, UE, UA i państw IGAD).