Opady są zróżnicowane, ale w większości obszarów kraju wysokie. Najniższe opady występują w dolinach i kotlinach śródgórskich, gdzie rocznie spada od 500 do 1000 mm deszczu rocznie. Cały południowy obszar i środkowy obszar charakteryzuje się występowaniem pory suchej, która trwa od listopada do kwietnia. W kierunku północnym pora sucha skraca się, a na obszarach nadbrzeżnych Morza Karaibskiego, rozkład opadów jest typowy dla klimatu równikowego, bez wyraźnej pory suchej. Średnie wartości opadowe wynoszą tam około 3000 mm do nawet 5000 mm. Wilgotno jest także nad Oceanem Spokojnym, gdzie wpływ zimnych i co za tym idzie suchych prądów morskich ogranicza się tylko do półrocza zimowego. Opady są tam wysokie i wynoszą od 1000 do 1500 mm rocznie.
Wody Wysokie opady deszczu i rzeźba terenu sprawią, że Honduras ma dobrze rozwiniętą sieć rzeczną, która jest zasobna w wody. Większą część kraju należy do zlewiska Morza Karaibskiego, a południowe obszary kraju do Pacyfiku. Najdłuższe rzeki uchodzą do Morza Karaibskiego, gdzie najdłuższa rzeka kraju – Patuca ma 523 km, a druga co do długości rzeka Ulúa – 320 km. Rzeki wpadające do Pacyfiku są na ogół krótkie, mające postać górskich rzek. Poza górskimi potokami można wyróżnić rzekę Choluteca.