Część rzek wypływająca z gór Hondurasu i wpadająca do Oceanu Spokojnego przepływa przez sąsiedni Salwador. Jezior jest mało, w zachodniej części kraju leży śródgórskie jezioro Yojoa. Znaczny obszar Wybrzeża Moskitów stanowią bagna.
thumb|310px|Wybrzeże Hondurasu
Gleby Honduras należy do środkowoamerykańskiej krainy glebowej. Północna i północno-zachodnia część kraju jest pokryta czerwonymi i żółtymi glebami laterytowymi, które są charakterystyczne dla strefy lasów równikowych. Na pozostałym obszarze dominują czerwonobrunatne gleby sawann.
Flora Szata roślinna jest dobrze zachowana, około 45% powierzchni kraju zajmują lasy. Obszary na północy kraju do wysokości 600–700 m n.p.m. rosną lasy tropikalne, cechujące się występowaniem około 1000 gatunków drzew, pnączy i storczyków. Na obszarach górskich rosną lasy mieszane, gdzie przeważają dęby i sosny. Doliny śródgórskie i strefa wybrzeża pacyficznego pokryta jest suchoroślami, roślinnością sawannową, w regionie tym tereny porastają cierniste krzewy. W suchych miejscach Hondurasu rosną drzewa zrzucające liście w porze suchej. Tereny nad Morzem Karaibskim porastają lasy i zarośla namorzynowe.