W 1893 roku przeniósł się do Warszawy, gdzie rozpoczął pracę na Cesarskim Uniwersytecie Warszawskim i już po roku uzyskał tytuł profesora. Wykładał język staro-cerkiewno-słowiański. Kilka lat później został dziekanem wydziału filologiczno-historycznego. W Warszawie Karski opublikował dalsze prace: „Historia dźwięków i form białoruskiego narzecza” oraz „Pytania o zachodnio-rosyjskie odmiany języków”. W latach 1905–1917 Karski był redaktorem naczelnym najbardziej wówczas prestiżowego pisma filologicznego Русский филологический вестник (Russkij fiłołogiczeskij wiestnik).
W 1905 roku, w niespokojnym czasie rewolucji, polityka rosyjska wobec warszawskiej uczelni uległa pewnej modernizacji. Władze zgodziły się na to, by rektorem została osoba z wyboru, a nie z nominacji. 19 września 1905 roku Jewfimij Karski został wybrany na rektora Uniwersytetu Warszawskiego. W listopadzie 1906 roku uczelnia została zamknięta, po wznowieniu działalności w 1908 roku Karski został ponownie wybrany rektorem i pracował na tym stanowisku do 1911 roku.