Od 1795 d’Éon nawiązał znajomość z wdową po angielskim admirale, Mary Cole. Prowadzili razem gospodarstwo domowe przez 15 lat. Resztę życia spędził w biedzie w Londynie, przez cały czas nosząc kobiece suknie.
Zmarł w Londynie w 1810, a autopsja wykazała, że anatomicznie był mężczyzną. Lekarz M. Copeland, który badał jego ciało w obecności m.in. kilkunastu członków Akademii Medycznej Wielkiej Brytanii, oświadczył, zmarły od urodzenia był mężczyzną, miał pod każdym względem doskonale uformowane męskie narządy. Lekarz zapisał też, że ciało prezentowało nienaturalną krągłość kończyn, miał słabo wykształcony zarost, gardło było bez dwóch zdań żeńskie, ramiona kwadratowe, piersi nienaturalnie pełne; ramiona, dłonie i palce solidne; biodra bardzo małe, a nogi i stopy podobne do ramion. Dziś twierdzi się, że być może d’Eon cierpiał na zespół Kalmanna powodujący niepełny rozwój cech płciowych. Ciało pochowano na cmentarzu Saint-Pancrace. Na nagrobku umieszczono napis „Éon de Beaumont 1728–1810”, bez imion i jakichkolwiek danych wskazujących na płeć.