Występował w niej przez kilka następnych lat, a w sezonie 1996/1997 zdobył tytuł mistrzowski równoznaczny z historycznym awansem do III ligi. W rozgrywkach trzeciego poziomu ligowego Nida z dorobkiem 36 punktów uplasowała się na 12. miejscu. Nieoczekiwane reformy spowodowały, że z ligi spadło jedenaście ostatnich zespołów, w tym zespół z Pińczowa. 24 listopada 1998 roku Nida została odznaczona przez Polski Związek Piłki Nożnej "Srebrnym Medalem PZPN". W sezonie 2000/2001 po kolejnych reorganizacjach drużyna znalazła się w nowo utworzonej IV lidze świętokrzyskiej.
W 2001 roku klub pozyskał sponsora, firmę "Lafarge Nida Gips" i po wzmocnieniach składu wrócił w szeregi trzecioligowców. Pobyt wśród nich nie trwał jednak długo ponieważ Nida zajmując 15. lokatę została zdegradowana. 4 lipca 2003 roku drużyna została odznaczona przez Polski Związek Piłki Nożnej "Srebrną Odznaką Honorową PZPN". Po spadku zespół przechodził kryzys organizacyjny, jednak mimo to walczył o ponowną promocję z Wierną Małogoszcz. Główny rywal okazał się jednak lepszy i to on uzyskał awans. W czerwcu 2004 roku sekcja piłki nożnej KS Nida została przekazana do Parafialnego Klubu Sportowego Ponidzie-Nida i zgłoszona do rozgrywek IV ligi świętokrzyskiej jako Autonomiczna Sekcja Piłki Nożnej PKS Ponidzie-Nida Pińczów.