Również w sezonie 2004/2005 zespół znajdował się w czołówce tabeli, jednak pierwsze miejsce zajął AKS Busko-Zdrój. W kolejnych rozgrywkach Ponidzie ponownie wymieniane był wśród faworytów ligi, ale najlepszym zespołem okazały się rezerwy pierwszoligowej Korony Kielce.
W jubileuszowym 2006 roku piłkarzem 60-lecia wybrano Wojciecha Chrobota, a trenerem Zdzisława Boduszka. W sezonie 2006/2007 Ponidzie znów prezentowało się solidnie. Napastnik klubu Robert Chlewicki z 26. golami na koncie został najskuteczniejszym zawodnikiem ligi, ale wynik ten nie pomógł drużynie w awansie. Na półmetku sezonu 2007/2008 Ponidzie zajmowało pierwsze miejsce. Utrzymało je do końca rozgrywek i zagrało w barażach o awans do nowo tworzonej II ligi. W nich klub spotkał się z Izolatorem Boguchwała i okazał się lepszy, a promocję dał lepszy bilans goli zdobytych na wyjeździe. W drugoligowej rywalizacji piłkarze z Pińczowa zajęli 16. lokatę, która nie pozwoliła im wziąć udziału w barażach o utrzymanie. Po spadku z zespołu odeszli trener i kluczowi zawodnicy, zmienił się także zarząd klubu. Ściągnięto kilku piłkarzy, głównie z Kielc i Jędrzejowa. Trener Ireneusz Pietrzykowski, który po roku powrócił do Pińczowa, zaczął budować nową drużynę. W sezonie 2009/2010 Nida zajęła 11. miejsce.