Jego solidna praca zaowocowała jednak przejściem do ekipy Danubio FC, którą poprowadził do tytułu mistrza Urugwaju w sezonie 2006/2007, triumfując z nią zarówno w jesiennej fazie Apertura, jak i w wiosennej Clausura. Dzięki temu osiągnięciu znalazł zatrudnienie w krajowym gigancie i jednym z najbardziej utytułowanych zespołów kontynentu – swoim macierzystym CA Peñarol, w którym jednak zawiódł oczekiwania; prowadzona przez niego drużyna zajęła zaledwie jedenastce miejsce w tabeli. Później, także bez powodzenia, trenował niżej notowaną stołeczną ekipę Bella Vista, z którą na koniec rozgrywek 2008/2009 spadł do drugiej ligi urugwajskiej.
W 2009 roku Matosas objął funkcję szkoleniowca peruwiańskiego Universidadu San Martín z siedzibą w Limie, z którym zajął piąte miejsce w tabeli, kwalifikując się do rozgrywek Copa Sudamericana. W maju 2010 powrócił do Danubio, lecz tym razem nie potrafił nawiązać do osiągnięć odnoszonych z tym klubem podczas pierwszego pobytu. W styczniu 2011 podpisał umowę z meksykańskim Querétaro FC, w którym grał już podczas swojej kariery zawodniczej. Drużynę tę prowadził przez następne siedem miesięcy z przeciętnymi wynikami.