We wrześniu 2011 został trenerem Club León z drugiej ligi meksykańskiej, jednak funkcję tę objął formalnie dopiero w cztery miesiące później, ze względu na przepis zabraniający trenerom w Meksyku prowadzenia dwóch klubów w jednym półroczu (w jego zastępstwie ekipę Leónu prowadził Pedro Muñoz). Na koniec rozgrywek 2011/2012 awansował z Leónem do najwyższej klasy rozgrywkowej, pokonując w decydującym o awansie dwumeczu Correcaminos UAT łącznym wynikiem 6:2 (1:2, 5:0). Tym samym prowadzony przez niego klub powrócił do pierwszej ligi po dziesięciu latach, a tam już w pierwszym sezonie okazał się rewelacją rozgrywek, docierając do półfinału fazy play-off i kwalifikując się do rozgrywek Copa Libertadores. 250px|right|thumb|Graffiti kibiców Leónu z podziękowaniami dla Matosasa W jesiennym sezonie Apertura 2013 prowadzony przez Matosasa zespół Leónu zdobył pierwsze po ponad 21 latach przerwy mistrzostwo Meksyku, pokonując w dwumeczu finałowym Américę wynikiem 5:1 (2:0, 3:1). Pół roku później, w wiosennych rozgrywkach Clausura 2014, powtórzył to osiągnięcie, tym razem okazując się lepszym w finale po dogrywce od Pachuki rezultatem 4:3 (2:3, 2:0). Tym samym León został pierwszą od niemal dekady meksykańską drużyną, której udało się zdobyć tytuł mistrzowski dwa razy z rzędu.