W 1311 r. Wieś należała do Albredy, wdowy po sir Henryku Springu, stąd nazwa le spring. To wyjaśnienie dodania le Spring jest dyskusyjne i istnieją alternatywy. Jedna opinia jest taka, że pochodzi od rodziny Le Spring, Lords of Houghton w czasach starożytnych. Inne wyjaśnienie opiera się na źródłach leczniczych wypływających z okolicznych skał wapiennych. To ostatnie wyjaśnienie wiąże się z rzymskimi nazwami na obszarze, w którym „le” jest uważane za „w”, jak w Chester-le-Street, Witton-le-Wear, Dalton-le-Dale, Hetton-le-Hole. Wiarygodności dodaje obszar miasta zwany dawniej jeziorem i strumień / źródło, które obecnie nadal płynie przez centrum miasta, chociaż od dawna jest skierowane do przepuszczania przez przepust.
Kościół parafialny św. Michała i Wszystkich Aniołów pochodzi z czasów normańskich i zawiera grób Bernarda Gilpina, zwanego „Apostołem Północy”. Gilpin był archidiakonem Durham, a w 1557 został proboszczem w Houghton-le-Spring, która w tym czasie była jedną z największych parafii w Anglii.
Podczas II wojny światowej Houghton był stosunkowo nietknięty nalotami bombowymi na pobliski Sunderland, ponieważ nie było go warto bombardować.