Po rozwiązaniu ZKE Czajko był członkiem Prezydium Rady Naczelnej Kościoła Zielonoświątkowego (1988–2004), pastorem zboru stołecznego w latach 1981–2001 oraz redaktorem naczelnym wydawanego przez Kościół Zielonoświątkowy miesięcznika „Chrześcijanin” (1990–1991). Wraz z Marianem Suskim uczestniczył w przygotowaniu ustawy sejmowej o stosunku Państwa do Kościoła Zielonoświątkowego uchwalonej 20 lutego 1997 roku.

Konflikt z Krakiewiczem thumb|Zespół redakcyjny „Chrześcijanina” (1988), od lewej stoją: M. Kwiecień, H.R. Tomaszewski, M. Czajko, E. Czajko i K. Krystoń. Czajko aż do jesieni 1970 roku cieszył się zaufaniem oraz poparciem ze strony prezesa Krakiewicza. W listopadzie 1970 roku zorganizował międzyzborowy zjazd dla młodzieży zielonoświątkowej w Koszalinie, na który Krakiewicz nie wyrażał zgody. Na zjazd ten przybyli goście zagraniczni. Sprawą zainteresowały się władze wyznaniowe oraz polityczne, które uznały Czajkę za wroga Polski Ludowej. Zdaniem Urzędu ds. Wyznań Edward Czajko stworzył „niezależny ośrodek dyspozycyjny ruchu zielonoświątkowego, dążącego do działalności poza kontrolą zarówno władz kościelnych, jak i państwowych”. Wydarzenie to zapoczątkowało konflikt Czajki z Krakiewiczem. Czajko został usunięty z funkcji kierownika Szkoły Biblijnej ZKE, musiał opuścić lokal służbowy przy ul. Zagórna 10.