W 1971 roku Krakiewicz wymusił na nim, aby nie kandydował do Prezydium ZKE. Czajko został też wtedy usunięty z ChAT-u.

Praca naukowo-dydaktyczna thumb|Edward Czajko (pierwszy z prawej), Jerzy Banak, Leszek Jańczuk, Barbara Enholc-Narzyńska (2005) W latach 1966–1971 był pracownikiem naukowo-dydaktycznym ChAT. Według Edwarda Czajki jego usunięcie z ChAT-u nastąpiło ze względów politycznych. Przez wiele lat był wykładowcą Szkoły Biblijnej ZKE oraz Warszawskiego Seminarium Teologicznego.

Od roku 1965 do roku 2008 był związany z zespołem redakcyjnym miesięcznika „Chrześcijanin”. W latach 1971–1981 pełnił funkcję sekretarza, w latach 1988–1990 był przewodniczącym rady programowej, a w latach 1990–1991 był redaktorem naczelnym.

Jest autorem wielu publikacji książkowych, artykułów naukowych i popularnonaukowych. Jego teksty były drukowane na łamach pism naukowych: „Rocznika Teologicznego”, „Studiów i Dokumentów Ekumenicznych”, „Studia Theologica Pentecostalia”, a także na łamach pism chrześcijańskich: „Chrześcijanin”, „Pielgrzym Polski”, „Jednota”, „Słowo Prawdy”, „Myśl Protestancka”, „Kalendarz Ekumeniczny”.

Członek stowarzyszeń: European Pentecostal Theological Association, European Pentecostal-Charimatic Research Association i Society for Pentecostal Studies.