Czajko był zwolennikiem klasycznego i umiarkowanego pentekostalizmu i walczył o to, aby jego Kościół zachował ten charakter. Poczynając od roku 1986 wielokrotnie krytykował aspekty ruchu charyzmatycznego. Do negatywnych tendencji zaliczył: zastąpienie hymnów o krzyżu, czyli Nowym Testamencie, refrenami opartymi na Starym Testamencie, skupienie się na korzyściach doczesnych nad wiecznymi, niebiblijna demonologia, teologia Remy, kult wszystkiego, co nowe. W roku 1987 skrytykował tak zwaną naukę pozytywnego wyznawania autorstwa Yonggi Cho: redefinicji greckich terminów „logos” oraz „rema”. Według Czajki oba terminy znaczą dokładnie to samo (słowo)E. Czajko, Słowo = słowo, „Chrześcijanin”, 1987, nr 6, s. 5.. W 1997 roku skrytykował tzw. „Toronto Blessing”, krytykował charyzmatyczne nienasycenie.
W roku 1989, kiedy upadek komunizmu ułatwił kontakty z Zachodem, napisał: „Pilną potrzebą jest ożywienie ściślejszych kontaktów z ustabilizowanymi Kościołami zielonoświątkowymi, a rozluźnienie więzi z tzw. marginesem zielonoświątkowym, a szczególnie z ruchem REMA, ruchem tzw.