Temperatury różnią się nieco na obszarze całego kraju. Na zachodzie, nad Oceanem Spokojnych są wyższe i wynoszą od 27 °C do 30 °C. Na wschodzie średnie wartości wynoszą 25-27 °C i mają przebieg typowy dla klimatu równikowego. W górach występuje piętrowość klimatyczna, ale różnica między nizinami a szczytami gór nie przekracza 10 °C. Średnie wartości termiczne w wyższych partiach gór wynoszą 20-23 °C.

Opady atmosferyczne cechują się dużo większymi różnicami. Na zachodzie średnia opadowa sięga 1500 mm, w kotlinach śródgórskich obniża się do 1000 mm rocznie. Na wschodzie wartości opadowe są dużo wyższe, gdzie nie ma pory suchej, a opady występują przez cały rok. Najniższe wartości po wschodniej stronie gór wynoszą 3000 mm, zaś nad Wybrzeżem Moskitów sięgają nawet 6000 mm. Nikaragua często jest nawiedzana przez huragany.

thumb|320px|Jezioro Nikaragua