Wody Sieć rzeczna jest dobrze rozwinięta, szczególnie na wschodzie kraju. Granicą wododziałową stanowią Kordyliery, a zdecydowanie większa część kraju należy do zlewiska Morza Karaibskiego. Jedynie zachodnia, pacyficzna nizina i zachodnie zbocza gór to obszary należące do zlewiska Oceanu Spokojnego. Rzeki uchodzące do Pacyfiku są krótkie i z reguły pełne bystrzy. Te które uchodzą do Morza Karaibskiego są dłuższe i żeglowne w dolnym biegu, na nizinach. Najdłuższą rzeką kraju jest Coco (Segovia) o długości 480 km. Druga co do długości San Juan jest długa na 195 km.
W Nikaragui leżą dwa wielkie jeziora: Nikaragua o długości 160 km i Managua o długości 50 km. Jeziora te połączone są ze sobą rzeką Tipitapa. W strefie nadmorskiej Morza Karaibskiego miejscami występują bagna.
Gleby Nikaragua leży w środkowoamerykańskiej krainie glebowej. Przeważającą pokrywą glebową są czerwone gleby ferralitowe i ferrytowe. Występują także gleby laterytowe. W dolinach rzek występują mady.