Helene Gotthold nie zrezygnowała też z udziału w chrześcijańskich zebraniach, gdy władze niemieckie wydały zakaz gromadzenia się Świadków Jehowy.
W związku z tym od 1936 roku Gottholdowie byli kilkakrotnie aresztowani – najpierw mąż w 1936 roku, a później w 1937 roku będąca w ciąży Helene. Podczas przesłuchań ciężko pobita, straciła dziecko. Następnie została skazana na 18 miesięcy więzienia. Po wypuszczeniu na początku 1940 Helene Gotthold ponownie podjęła zabronioną działalność ewangelizacyjną Świadków Jehowy.
W lutym 1944 roku została ponownie osadzona w więzieniu w Essen, a po jego zniszczeniu wskutek alianckich bombardowań została przeniesiona do więzienia w Poczdamie. 4 sierpnia 1944 w Berlinie Helene Gotthold, wraz z pięcioma innymi Świadkami Jehowy, którzy odmówili wyrzeczenia się swojej wiary, została skazana na karę śmierci. Sąd skazał ich za nielegalne uczestniczenie w spotkaniach biblijnych i osłabianie morale naroduNiektóre źródła podają, że należała do osób straconych za pomoc młodym mężczyznom, którzy nie chcieli walczyć i zabijać dla Hitlera:. Egzekucja przez zgilotynowanie odbyła się 8 grudnia 1944 roku w więzieniu Berlin-Plötzensee.