Budowa geologiczna Panama jest zbudowana głównie ze skał kredowych, trzeciorzędowych i czwartorzędowych. Zachodnia część kraju stanowi obszar będący przedłużeniem pasma gór należących do systemu Kordylierów. Górotwory te wulkaniczne pasma trzeciorzędowo-czwartorzędowe. Na południe od pasa gór, na półwyspie Azuero, występują wulkaniczne sekwencje skał pochodzących z kredy oraz niewielkie fragmenty ultrabazytów. We wschodniej części kraju rozciągają się łańcuchy górskie, które zostały sfałdowane w czasie orogenezy alpejskiej. Wschodnie górotwory budują wulkaniczne skały pochodzące z kredy i trzeciorzędu. Doliny rzeczne i wybrzeża są wypełnione osadami czwartorzędowymi. Panama leży na obszarze aktywnym sejsmicznie.
Rzeźba Należąca do krainy Kordylierów Ameryki Środkowej, Panama jest krajem, którego ponad połowa to obszary wyżynne i górzyste. Najwyżej położona jest zachodnia część kraju, znajduje się tam najwyższe pasmo Panamy – Cordillera de Veraguas, gdzie wznosi się czynny wulkan Chiriquí, najwyższy szczyt kraju, wysoki na 3478 m n.p.m. Drugi co do wysokości szczyt – Santiago (2826 m n.p.m.) wznosi się w leżącym dalej na wschód paśmie Sierra de Tabasará. Półwysep Azuero także jest obszarem górzystym, gdzie najwyższy szczyt – Cerro Hoya wznosi się na 1559 m n.p.m.