W środkowej części kraju leży zapadliskowy obszar, urozmaicony wzgórzami Vulebra do wysokości 296 m n.p.m. Obszar ten został wykorzystany do przekopania Kanału Panamskiego. Wschodnia część kraju także jest górzysta, ale tereny tam leżące są dużo niższe. We wschodniej części kraju ciągną się pasma: Cordillera de San Blas i Sierra del Darién. Te usytuowane nad Morzem Karaibskim górotwory wznoszą się średnio do 1000 m n.p.m. Na południe od Sierra del Darién, ciągnie się pasmo Serrania del Sapo o średniej wysokości do 1300 m n.p.m. Obszary nizinne ograniczają się do regionów nadbrzeżnych, szczególnie w północnej części kraju i we wschodniej – śródgórza.
thumb|310px|Tropikalny las w północnej Panamie
Klimat Panama leży w strefie klimatu równikowego, gdzie na północy występuje wybitnie wilgotna odmiana. Klimat Panamy kształtują północno-wschodnie pasaty, ciepłe prądy morskie i bliskość akwenów morskich. Cechą klimatu panamskiego są obfite opady i wysokie temperatury.