Zamieszkał w Maladze pod kontrolą policji, ponieważ monarcha mu nie ufał i miał zakaz pojawiania się w Madrycie. W 1817 r. poznał żonę. 15 grudnia tego samego roku para wzięła ślub. Jako małżeństwo zamieszkali w Granadzie przy ulicy Gracia. Don Cipriano nie stłumił w sobie napoleońskich ideałów. Był buntownikiem i mnóstwo czasu spędzał w więzieniach m.in. w Santiago de Compostela. Doña Manuela musiała więc żyć w samotności, wobec czego krążyło o niej mnóstwo plotek przypisujących jej liczne romanse. Miała także liczne długi. W 1825 r., po powrocie Don Cipriano do domu urodziła się im pierwsza córka Maria Francisca, zwana Pacą (29 stycznia 1825 – 16 września 1860).
Dzieciństwo Przyszła cesarzowa Eugenia, według wspomnień matki, przyszła na świat w Granadzie 5 maja 1826 r. podczas trzęsienia ziemi. Jednak prawda była inna. Wstrząsy nawiedziły Granadę 10 dni później. Była ładną dziewczynką o kasztanowych włosach, jasnej karnacji i fiołkowych oczach. Charakter odziedziczyła po ojcu. Jeździła wraz z nim konno, spała pod gołym niebem, odwiedzała cygańską dzielnicę Albaicín i oglądała korridę. Bliskie były jej też ideały bonapartystów.