W 1830 r., za zgodą króla Hiszpanii, rodzina przeniosła się do Madrytu, gdzie zamieszkali przy ulicy de Sordo. Tam, choć żyli stosunkowo biednie, otaczali się wąskim gronem znajomych. Tak poznali romantycznego pisarza Prospera Mérimée, zwanego przez Eugenię Don Prospero, który do końca życia został jej powiernikiem. Cztery lata później, po śmierci ojca Cyprian otrzymał w sekundogeniturze część posiadłości rodzinnych i tytuł hrabiego de Montijo oraz księcia (duque) de Peñeranda, a w 1834, po śmierci bezdzietnego starszego brata, Dona Eugeniusza, resztę tytułów i majątków rodzinnych. Wśród ich posiadłości można wymienić wspaniały pałac de Ariza, nazywany pałacem de Montijo i wiejską rezydencję na przedmieściach Madrytu w Carabanchel.
W 1833 r. zmarł król Ferdynand VII i rozpoczęła się I wojna karlistowska, mająca wyłonić spadkobiercę tronu hiszpańskiego. W tej sytuacji Cyprian wysłał rodzinę do Paryża. Tam zamieszkali w skromnym apartamencie przy Polach Elizejskich. Eugenia i jej starsza siostra Paca rozpoczęły edukację w renomowanej szkole sióstr z Sacré-Cœur, gdzie zostały wychowane w duchu surowego, graniczącego z bigoterią katolicyzmu. Na początku miały trudności w nowej szkole (rówieśnicy przedrzeźniali hiszpański akcent sióstr) i dodatkowo miały słabe oceny.