Elżbieta na początku nie wiedziała, co zrobić z takim nieproszonym gościem. W tym czasie pozbawiona tronu królowa wypowiedziała sławne słowa (fr.) En ma Fin gît mon Commencement („W moim końcu jest mój początek”), które wyhaftowała na swojej sukni.
Elżbieta miała teraz dylemat, czy Maria powinna być sądzona w sprawie zabójstwa Darnleya. Zamiast procesu zleciła więc tylko formalne dochodzenie. Główne znaczenie miał tu podtekst polityczny i trudno było mówić o obiektywności angielskich śledczych. Pobyt Marii w Anglii był na rękę jej bratu lordowi Moray, który rządził podczas jej nieobecności i starał się, aby obalona królowa już Szkocji nie ujrzała. Dochodzenie jednak nie dowiodło winy Marii.
Elżbieta uważała Marię za poważne zagrożenie dla swojego panowania i dlatego więziła ją, głównie na zamku w Sheffield pod zarządem George’a Talbota, 6. hrabiego Shrewsbury. Bothwell natomiast uciekł najpierw do Norwegii, będącej pod panowaniem duńskim, a następnie został uwięziony w Danii, gdzie popadł w chorobę psychiczną i zmarł w 1578 r. W 1580 r. miejsce uwięzienia Marii zostało zmienione, znalazła się pod nadzorem , w zamku , gdzie przebywała już do końca życia.